優秀なビデオゲーム開発者のフリン（ジェフ・ブリッジス）が元雇い主のコンピュータにハッキングすると、彼は自らが開発したゲームの中に取り込まれ、デジタルの世界を飛び回ることに！デジタル世界でのフリンの使命は、マスター・コントロール・プログラム(MCP)と頭脳戦をし、トロンと協力してデジタル世界に調和をもたらすことだ。
