ロシアの最新鋭潜水艦〈アタマン・イェルマーク〉がグリーンランド海で極秘任務中に忽然と姿を消す。\n艦には国家の命運を左右する最高機密兵器が搭載されていた。捜索と救助の指揮を託された〈ザポリャーリイ号〉の艦長ヴィクトル・ヴォロニンは、兵器の流出阻止と、艦長である兄を含む乗組員の救出に挑む。しかし、北極海の深淵で目覚めたのは、伝説の怪物クラーケン。国家の危機は、やがて人類と深海の覇者との死闘へと変貌していく――。
