パディントンは、「老グマホーム」で暮らすルーシーおばさんを訪ねにブラウン一家とペルーへ家族旅行に出るが、なんとおばさんは眼鏡と腕輪を残して失踪していた…。パディントンたちは、おばさんが残した地図を手掛かりにインカの黄金郷があるというジャングルの奥地へとルーシーおばさんを探す冒険の旅に出る！果たしてパディントンは無事におばさんと再会できるのかー！？そして、そこには、家族の絆が試されるパディントンの秘密が待っていた。
