西暦2201年。地球はガミラスとの戦いの傷も癒え、かつて無い繁栄の道を進んでいた。ヤマトはすでに廃艦処分となり、代わりに超最新鋭戦艦アンドロメダが就航、かつてのヤマト戦士古代、島、真田らは惑星間資源輸送船団の護衛任務にあたっていた。そんな折り、古代は地球への輸送航海の途中、未知の星から地球に救いを求める不思議な発信をキャッチした。危機を感じたヤマト戦士たちは、海底ドックに眠るヤマトに乗り込み、新たなる旅へと発進する！
