1000年に1度、世界中の妖気が集まってできる怪気象と呼ばれる台風が東京に上陸。怪気象に潜む妖怪皇帝は、配下の妖怪たちに国会議事堂を占拠させ、「日本を支配し、妖怪天国にする」と宣言する。鬼太郎は妖怪皇帝らを倒すため、仲間とともに立ち上がる！
