1万年に1人の救世主と呼ばれる小学5年生・埋れ木慎吾。悪者を退治する妖怪を育てている「見えない学校」の校長・ファウストは、彼にソロモンの笛とメフィスト2世たち12使徒を託した。こうして悪魔くんは、悪さを働く黒悪魔たちと戦うことになる。
