23世紀、大宇宙に天体規模の大きさの雲が発生。調査に赴いた惑星連邦の宇宙艦船を破壊消滅させ、地球に迫る。この未曾有の危機を阻止できるのは、かつて5年間の調査飛行で全宇宙に勇名をはせたカーク船長が指揮する宇宙船エンタープライズ号だけだ。
