時は推古天皇7年。厩戸皇子は政がうまくいかず、仏法の神通力に頼ろうとしていた。しかし裏切った腹心の六麻呂は水晶を奪い、勾玉、鏡、剣の三種の神器を集め、邪悪の化身・倭神鬼へと変貌してしまう。そんな折、倭神鬼との対決を命じられた忍者の小枝子と直人は、水晶が引き起こした時空間のゆがみによって、現代へとタイムスリップしてしまう。
