第二次大戦下のヨーロッパ戦線。高性能潜水艦Ｕボートを操るドイツ軍に翻弄されていた米海軍は、敵の動きを察知するため、敵艦に搭載された暗号器“エニグマ”を奪う計画を立てる。ダールグレン大佐に指揮された米軍兵たちはＵボートそっくりに偽装した旧式巡洋潜水艦S-33に乗り、最新鋭潜水艦U-571に接近。無事にエニグマの奪取に成功するが、不測の事態によってU-571に閉じ込められてしまう…。
