時は現代、爾来石の洞窟に閉じ込められた十兵衛（竹内 力）たちは烈火玉を爆発させることにより、かろうじて脱出に成功する。獄童（菅田 俊）を追おうとする十兵衛。しかし深い傷を負った十兵衛にはその力ももはや残されていなかった。 一方、３６０年前では剣吾（竹内 力）は又十郎（山口祥行）の父・宗矩（山口祥行）に出会う。そこで剣吾は衝撃の真実を聞かされることとなる。柳生、裏柳生に隠された全ての謎を… そして遂に剣吾と獄堂、柳生と裏柳生は決着の時を迎えるのであった…
