2002年冬。横浜ベイブリッジに謎のミサイル投下…。 報道はそれが自衛隊機であることを告げるが、該当する機体は存在しなかった。 これを機に続発する事件は警察と自衛隊の対立を招き、事態を重く見た政府は実戦部隊を治安出動させる。 東京に<戦争>を再現した恐るべきテロリストを追って、第2小隊最後の出撃が始まる!