イスカンダル星で汚染除去装置として改造されたヤマトは波動砲を封印することに。地球への帰路で謎の艦隊の奇襲を受けたヤマトは難を逃れようと奇妙な惑星に不時着。上陸した古代たちが目にしたのは地球の光景。しかしそれはどこか違和感を覚える空間だった。
