ひとりっ子の少年ネイトの夢は、まだ見ぬ弟と忍者遊びをすること。ある日、古びた「赤ちゃん申込書」を見つけたネイトは早速えんぴつを握りますが、コウノトリ宅配便社は昔のある事件がきっかけで「赤ちゃんのお届け」を固く禁止していました。NO.1配達員のコウノトリであるジュニアは、お人好しがゆえに会社に内緒で赤ちゃんを届ける決心をするが、迫り来る“告げ口屋”のハトや、襲い来る“赤ちゃん好き”のオオカミの群れが・・・
