ボーイスカウトのキャンプにやってきた正夫とジムは、潜水艦に乗ることになった。そんな折、2人は海中でバイラスの宇宙船が発射したスーパーキャッチ光線によって捕らえられ、人質になってしまう。子供の味方であるガメラは彼らを助けにいくが…。
