何千年もの昔、人間に裏切られたポケモン・アルセウス。人間に復讐するために現代へと現れたアルセウスは、サトシたちがいる町・ミチーナを攻撃する。そこに遺跡の守り人・シーナとケビンが駆けつけ、不思議な力でディアルガを呼び出し助けを請う。
