オレンジ諸島を旅するサトシたちの船が突然の嵐で流され、アーシア島に漂流する。そこでサトシは、島の住民から古い言い伝えを聞かされる。その頃、謎のコレクター・ジラルダンは海の神と呼ばれる幻のポケモン・ルギアを手に入れようと画策していた。
