約12000年前に太平洋上から姿を消したムウ帝国。だが、帝国は今なお海底で繁栄していた。そして、世界を支配しようと総攻撃を仕掛けてくる。一方、神宮司大佐たちは、終戦を迎えても孤島で海底軍艦を建造し、アメリカとの最終決戦に挑もうとしていた。
