オーストラリアが生んだ1986年の大ヒット作品「クロコダイル・ダンディー」が、13年ぶりに復活。今度はL.A.を舞台に、“ダンディー”ことポール・ホーガンがまたまた大暴れする。
ワニ狩が禁止され、ツアー・ガイドに転職したクロコダイル・ダンディー、ミック(ポール・ホーガン)。時代の変化に複雑な心境だが、恋人スー(リンダ・コズラウスキー)とはラブラブ、息子も8歳に成長して私生活は順調。スーの転勤に伴って、家族3人L.A.に引っ越すことになるが、ミックの行く所トラブルが絶えない。そんな中、スーが犯罪に巻き込まれてしまうのだった。