宇宙世紀0077年に起きた「暁の蜂起」事件の責任をとり士官学校を辞任し地球へ降りたシャアは、そこで不思議な力を持った少女、ララァ・スンと巡り合い彼女を保護する。一方、地球連邦軍のテム・レイ部長は、ジオンに対抗するためRX-78計画を推進していた。