士郎正宗原作による「攻殻機動隊S.A.C.」シリーズの長編3部作の3作目。公安9課から草薙素子が去った2年後、トグサ率いる新生公安9課に次々と難事件が襲い掛かる。捜査の結果、「傀儡廻（くぐつまわし）」というハッカーの存在が明らかになり…。
“個人の11人”事件から2年…草薙素子が公安9課を去り、トグサをリーダーとした新生公安9課は空港人質立てこもり事件の鎮圧に向かう。しかし、犯人は「傀儡廻が来る」と言い残し、自殺。これを機に同時多発していく難事件の数々。新生公安9課の運命は!?
