アベンジャーズの戦いから2年。アベンジャーズのメンバーであるキャプテン・アメリカ、ニック・フューリー、ブラック・ウィドウは、これまで共に戦ってきた仲間である国際平和維持組織シールドから、突然生命を狙われる。巨大な包囲網を逃れ、逃亡者となった彼らであったが、謎の暗殺者“ウィンター・ソルジャー”が立ちはだかる…。
