科学者のロンド博士とその息子・トオイは、かつて宇宙からきたポケモン・デオキシスとレックウザの戦いを目の当たりにした。トオイはそれがトラウマになり、ポケモンに触れられなくなってしまう。それから4年後、ラルースシティに突然、デオキシスが現れる。
