ウルトラマンに会うことを夢見る少年・ムサシ。ある夜、ムサシは友達と皆既月食の観測に出かけるが、大雨が降りだして友達は帰ってしまう。その頃、宇宙空間では地球を目指すバルタン星人と、ウルトラマンコスモスとの壮絶なバトルが繰り広げられていた。
