統治機構ガイア・サンクションに反旗を翻し、全宇宙から指名手配されるお尋ね者・宇宙海賊キャプテンハーロック。彼の暗殺命令を受けた青年・ヤマは、海賊船アルカディア号に乗組員として潜入しハーロックに近づくが、やがて地球に隠された真実を知り…。
