西暦2059年、早乙女アルトの暮らす銀河移民船団・マクロスフロンティアに歌姫・シェリルがライブにやって来る。シェリルに憧れるランカも会場に来ていたが、その日突如フロンティアを重機甲生命体バジュラが襲い、アルトはバジュラとの戦いに身を投じる。
