「武蔵拵え（むさしごしらえ）」を手にした沖田（船木誠勝）と死闘を繰り広げる剣吾（竹内力）たち。剣吾の手には伝説のムラマサ「黄龍（こうりゅう）」が握られていた。 一方、裏柳生たちは嶽堂（がくどう・菅田俊）の復活のため、ムラマサ「大蛇（おろち）」の守護者・陣内（アンドレ）が霧生（山口祥行）と接触する。 柳生と裏柳生には３６０年前のある秘密が隠されていた。 そして全ての謎を解く鍵は、時空の狭間にある「土岐の里」にあることが明るみになっていくのであった…
